Wagenhausen wurde 1303 erstmals urkundlich erwähnt und könnte zur Zeit der karolingisches Landnahme entstanden sein. Seit 1366 gehörte die Siedlung zum Kloster Theres, das um 1700 „sechs Untertanen und sechs halbe Höfe“ in Wagenhausen besaß.

Die Wüstung Wagenhausen wurde am 12. Juli 1438 der Pfarrei Untertheres zugewiesen.

Aus der Zeit gegen Ende des 18. Jahrhunderts stammt das Jagd- und spätere Forsthaus, das noch heute erhalten ist. Es war der Dienstsitz für vier Waldreviere des Klosters Theres, die zusammen 1100 Morgen umfassten. 1919 erwarb Richard von Swaine fünf der sechs Höfe für das Gut Theres. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurden sechs heimatvertriebene Bauern in Wagenhausen angesiedelt, die nach dem Bodenreformgesetz auch Eigentümer des ursprünglich klösterlichen Landes wurden.